Learning about Oxidation Lagoons

Un lugar en donde todos pueden relacionarse un poco con mi trabajo de investigación en la UPR-Humacao, en el Lab del Dr. Ayala del Río

Un resumen de mi experiencia Abril 29, 2008

Archivado en: General — vero7288 @ 2:22 am

Durante este año de investigación he aprendido muchas cosas.  Todas ellas de alguna forma me ayudarán a ser una mejor profesional y ser humano.  He aprendido a tener paciencia, mucha paciencia y a leer y analizar detenidamente (especialmente las instrucciones).   A parte de ello he entendido mejor ciertos conceptos de técnicas que se aprenden, pero que con la teoría no es suficiente.  En combinación con un curso de concentracción (Ecología Microbiana) fue este semestre que pude entender todo el trabajo que habíamos hecho el semestre pasado, cuando nos dedicamos a buscar las diferencias en la compisicón química y actividad metabólica de las lagunas de oxidación que estamos estudiando.  Al principio hacíamos lo que decían los protocolos y en lo personal no sabía que podían significar los resultados obtenidos, pero ya puedo defenderme un poco mejor en esa área.  A parte de eso y de las técnicas mencioné en la pasada entra del Blog, he aprendido y puesto en prácticas técnicas nuevas como: una reacción de adición de adeninas a un porducto de PCR, reacción de clonación y una digestión con enzimas de restrincción. 

 

Creo que la mayor barrera que hemos tenido que afrontar en nuestra investigación es la falta de tiempo para poder terminar lo que hemos empezado.   No somos máquinas, a parte de la investigación tenemos nuestras clases regulares y nuestros compromisos personales.  Pero me complace el hecho de que hemos trabajado lo suficiente como para tener resultados y poder decir que iremos al General Metting de ASM a presentarlos en un  poster a principios de este verano.  Otros problemas que hemos tenido que afrontar, son situaciones que no están a nuestro alcance.  Como contaminación en los cultivos o en las reacciones de clonación.  Las condiciones para PCR no son las más adecuadas, se contaminó el PCR y hay que volver a hacerlo.  Situaciones como esas, cosas que pasan diariamente pero que podemos bregar con ellas son las que tenemos que resolver a diario en nuestra vida como investigadores.  La clave para superar las cosas que nos pasan es la paciencia y comunicación entre los compañeros y nuestro mentor, pero sobretodo paciencia y trabajo en equipo.

 

El semestre que viene nos espera más trabajo del que pensamos, pues si las cosas siguen como van, hasta ahora en nuestro plan de trabajo está, el secuenciar nuestro producto de clonación y poder hacer un medio sólido en donde las nenas bellas y preciosas que están creciendo felizmente en su AT Medium, que es uno líquido,  puedan adaptarse y crecer igual de felices.  Las expectativas del trabajo que nos espera es alta y hasta ahora todos súper motivados, para ver que podemos obtener en el área molecular de caracterización de nuestras charcas.  Yo espero que antes de que me gradue poder llegar a identificar al menos una población procariota habitante de nuestras lagunas de oxidación.  

 

Visita a los Blogs Abril 29, 2008

Archivado en: General — vero7288 @ 1:30 am

El visitar los Blogs de diversas personas es una forma de darnos cuenta de que no vivimos en un mundo aislado, que a nuestro alrededor se están ocurriendo cosas intersantes. Que personas trabajan en proyectos novedosos, algunos de ellos que pueden cambiar nuestra vida de una forma u otra.

El primer blog que visite fue el de la compañera Angiemar (http://angiebiominds.wordpress.com) de la UPR de Cayey. Su investigación es bien interesante, lo importante de su trabajo es el obtener la mayor información disponible que les permita explicar como las colagenas MMP trabajan, como son controladas y como influyen en la biología. Es algo bien interesante, porque está dentro de un laboratorio que integra Biología del Desarrollo & Bioquímica.

El segundo blog visitado fue el Magdelisse(http://magdelissept78.wordpress.com/) del Colegio quien trabaja con la Dra. Mayra Cadiz. Esta investigaión me llamó mucha la atención porque nunca había escuchado de una investigación relacionada con cáncer que fuera capitaneada por una química inorgánica. Casi siempre son bioquímicos. La investigación tiene como objetivo poder sintetizar cis-Pt(NH3)(3-hidroxypyridine)Cl2(AH3)thiazole , que es un derivado de Cisplatin, una droga usada para tratar el cáncer de uso limitado debido a sus efectos secundarios. Es un área de mucha demanda hoy día y en donde hay una gran necesidad.

El tercer blog visitado fue http://melyorise.wordpress.com/ quien trabaja con el Dr. Gustavo E. López y el grupo de química teórica y computacional. En donde ella hace su investigación realizan estudios de sistemas mediante simulaciones computarizadas en las cuales se miden distintas propiedades termodinámicas que sirven para analizar el sistema. Su trabajo consiste en analizar el “wetting transition” en proteínas, el cual está en la fase de editar el programa. Es una técnica buena el simular los posibles parámetros que afectan tu sistema, pero pienso que luego deben compararlo con una experimento in vivo, a todo color para ver cuan fiable son los modelos que tienen.

 

Conocimiento Adquirido en el Laboratorio Marzo 24, 2008

Archivado en: General — vero7288 @ 8:49 pm

Definitivamente trabajar en un laboratorio es una experiencia sumamente enriquecedora.  Cada día se aprende algo nuevo o se refuerza lo que ya conocemos, ya sea porque lo hemos hecho antes o en alguna clase escuchamos hablar sobre el tema o la técnica.  Durante el tiempo que llevo trabajando he aprendido y he hecho cosas que jamás pensé hacer.  Algunas de las técnicas ya anteriormente las había hecho, pero no en todos los laboratorios se hacen de la misma forma.Entre las técnicas que he puesto en práctica se pueden mencionar:

  • Extracción de DNA mediante los métodos de sonicación y cánicas de cristal 
  • Cuantificación del DNA, utilizando las medidas de absorbancia a largos de onda de 260 nm
  • Medir la cantidad y disponibilidad de distintos nutrientes en muestras de agua de las lagunas 
  • Electroforesis
  • PCR con distintos primers, para diferentes genes
  • Filtración de muestras de aguas y como método de esterilización de medios de cultivos

Aunque no es una técnica como tal me ha tocado preprara un medio de cultivo para bacterias fototrofas anoxigénicas.  Envuelve mucho más que leer la estiqueta de un pote y añadir la cantidad de los gramos que necesitas a cierta cantidad de agua y mezclar y luego autoclavear.  Requiere que cada uno de sus componente se medido de la forma más exacta posible y mezclarlos tal y como dice el “paper” del cual sacamos la receta del medio de cultivo.  Luego ajustar el pH y por último filtrarlo para esterilizarlo. Y ya puede usarse para cultivar nuestras bacterias, las cuales poco a poco hemos podido ajustar las condiciones necesarias y ya no se tardan tanto tiempo en crecer como al principio. 

 

Mi equipo de trabajo Febrero 24, 2008

Archivado en: General — vero7288 @ 9:58 pm

En el laboratorio en donde trabajo somos muchas personas, alrededor de 12, pero no todas trabajamos en el mismo proyecto y con el mismo mentor.  El equipo encargado de estudiar las lagunas de oxidación está formado por 3 estudiantes subgraduadas (Elane Reyes, Sharon Machín y yo, Verónica) y el profesor.  Somos un equipo bien eficiente, trabajador, aunque raras veces coincidimos todas en el área de trabajo, tanto adentro como afuera nos llevamos de maravilla y la pasamos bien con las ocurrencias diarias.

Trabajar en equipo no siempre es una experiencia agradable, lo digo por experiencia.  Pero cuando los integrantes comparten el mismo interés de hacer ciencia, de conocer y de trabajar eficientemente y saben que es para el beneficio de todos, la cosa se hace más llevadera y gusta trabajar en equipo.  Aunque ahora, no todas trabajamos en lo mismo nuestros trabajos se complementan y relacionan.  A veces uno depende de los resultados del otro, lo que hace un poco más interesante y estresante lo que hacemos.

 A pesar de que somos muchas personas en el laboratorio, cabe destacar que no siempre estamos todos a la vez.  En general, la química es buena y de alguna forma todos colaboramos para el buen funcionamiento del lugar de trabajo.

 

Lagunas de Oxidación: ¿Qué son? Febrero 24, 2008

Archivado en: General — vero7288 @ 9:05 pm

Las lagunas de oxidación, también llamadas charcas de estabilización, son charcas grandes y llanas diseñadas para tratar aguas negras por la interacción de luz del sol, bacteria, y algas. Las algas crecen utilizando la energía del sol, dióxido de carbono y compuestos inorgánicos liberados por la bacteria en el agua. Durante el proceso de fotosíntesis, las algas liberan el oxígeno necesario para los organismos aeróbicos.  En nuestro caso las aguas que llegan hasta las lagunas que estudiamos son de vaquerías, localizadas en Humacao.

 

Bienvenidos a mi Bio-Blog Febrero 9, 2008

Archivado en: General — vero7288 @ 10:54 pm

Bienvenidos a mi Bio-Blog!!

Mi nombre es Verónica Román y soy estudiante de la Universidad de Puerto Rico en Humacao. Este es mi 4to año de estudio del bachillerato en Microbiología. Una vez obtenga este grado quiero seguir estudiando para obtener un doctorado en el área de Microbiología Clínica y me gustaría desenvolverme como investigadora.

El programa de Bio-Minds es una excelente oportunidad para aquellos estudiantes que dedicamos parte de nuestro tiempo a trabajar en diversas investigaciones. Pienso que es una forma de motivarnos a seguir colaborando, no sólo eso, nos proveen ciertas herramientas que de alguna forma u otra nos ayudarán realizar nuestras metas de una forma más eficiente. Un ejemplo de esto fue la conferencia ofrecida por la Sra. Sindia Rivera (estudiante doctoral de UPR-M) sobre cómo llevar una libreta de laboratorio de forma correcta. Bio-Minds también nos ofrece la oportunidad de prepararnos mejor en el área de escritura científica, ya que es requisito del programa someter reportes finales y hacer presentaciones, y muchas veces es mejor tener experiencias previas no tener nada. De seguro el programa es una ayuda que nos ayudará a sobrevivir en la industria o en la escuela graduada.